Le contentieux relatif aux agents publics hospitaliers relève essentiellement de la compétence du juge administratif. Quelques compétences judiciaires demeurent en cas de litige relatif à l'application du droit de la sécurité sociale.

Le contentieux de la fonction hospitalière relève des trois niveaux de la juridiction administrative de droit commun : tribunal administratif en première instance, cour administrative d'appel, Conseil d'État en cassation. Le CE est juge en premier et dernier ressort pour les recours dirigés contre les décrets réglementaires et pour les litiges concernant les personnels hospitalo-universitaires nommés par décret du président de la République.

Les établissements hospitaliers peuvent être attaqués devant la juridiction prud'hommale pour les contentieux concernant les contrats aidés : contrats emplois solidarité, emplois consolidés -CES et CEC -, emplois jeunes et, désormais, contrat d'accompagnement dans l'emploi (CAE).